国家数学与交叉科学中心(NCMIS)（以下简称“交叉中心”）成立于2010年11月24日，是根据2010年3月31日国务院第105次常务会议精神和中国科学院“创新2020”组织实施方案的总体部署而成立的非法人机构，依托单位是中国科学院数学与系统科学研究院。交叉中心经费由“创新2020”计划支持。
交叉中心设立理事会、学术委员会、国际咨询委员会与执行委员会，实行中心主任负责制。现有六个交叉研究部和一个分中心，分别是：数学与信息技术交叉研究部、数学与经济金融交叉研究部、数学与先进制造交叉研究部、数学与材料环境交叉研究部、数学与生物/医学交叉研究部、数学与物理/工程交叉研究部以及合肥分中心。
交叉中心的成立,旨在从国家层面搭建一个数学与其它学科交叉合作的高水平研究平台；通过体制机制创新，凝聚国内外数学及相关学科力量，协同攻关，成为国际一流的科学研究基地。
交叉中心将通过设立和组织重大研究专题、承担国家重大项目、组织数学与相关学科交叉论坛、设立交叉型研究生与博士后培养计划，开展数学及其与自然科学、工程技术与社会经济的交叉研究、合作交流与人才培养。
